上海朝晖药业有限公司前身为第二军医大学朝晖制药厂，始建于1958年。

1998年底根据中央军委统一部署，移交至宝山区地方政府管理。1999年初上海复星医药(集团)股份有限公司(原上海复星实业股份有限公司)参与企业经营，组建成立了上海复星朝晖药业有限公司，注册资金1000万元。2005年12月企业注册资本金增加至1亿元人民币。2007年7月由于创建自主品牌，树立自身品牌形象的需要，企业更名为上海朝晖药业有限公司。2008年12月起划归上海复星医药(集团)股份有限公司下属上海复星医药产业发展有限公司管理。投资1.4亿人民币建造的上海朝晖药业有限公司新厂区位于上海市宝山区罗店工业园区内，于2002年底正式启用。公司占地100亩，建筑物占地面积11026平方米，总建筑面积20465平方米，绿化面积为28445平方米，绿化率为44.5%。

2003年1月，上海朝晖药业有限公司的片剂、胶囊剂(均含抗肿瘤药)、颗粒剂、软膏剂(激素类)、小容量注射剂和原料药(盐酸利多卡因)等八条生产线一次性顺利通过国家药监局GMP的现场验证并获得GMP证书，证书号：E2298。2003年5月，公司软膏剂(非激素类)也通过了GMP认证，证书号：沪E0005。2007年12月，公司通过了国家食品药品监督管理局和上海市食品药品监督管理局的GMP复审，证书号：沪I0279，J4600。

公司主要产品涉及内分泌、抗肿瘤、皮肤病、镇痛等各个领域。“可”字系列新药中“可由”喷昔洛韦乳膏、“可怡”****片、“可弗”去氧氟尿苷胶囊、“可伊”美洛昔康片、“可元”羟苯磺酸钙胶囊、“可成”盐酸吡格列酮片等品种均已入选上海市高新技术转化项目，并已进入国家医保甲乙类目录。