一、细菌感染:
（一）形态与结构检查：
1、显微镜放大法：细菌微小，肉眼不能直接看到，通常用光学显微镜油镜头，放大1000倍左右观察细菌的形态，而细菌的内部超微结构，则须用电子显微镜放大数万倍方能观察.
2、染色法：
⑴ 单染色法：用单一染料染色，可以观察细菌的大小，形态和排列特点，但不能鉴别细菌。
⑵复染法：用两种以上的不同染料染色，可将不同细菌染成不同颜色，除可观察细菌的形态特征外，还能鉴别细菌.最常用的有革兰染色法，细菌染色法中还有抗酸染色和荚膜，芽胞，鞭毛，细胞壁，核质等特殊染色法。
（二）分离和鉴定：是确诊细菌性感染最可靠的方法，鉴定的主要内容有：
1、细菌培养：标本接种于培养基，以获得纯培养.根据细菌所需营养,生长条件，菌落特征做初步鉴别.
2、分离镜检：对菌落或纯培养物，经涂片染色后镜检，根据细菌的形态，排列，大小，染色性和特殊结构等做初步鉴别.
（三）生化反应：不同的病原菌有不同的酶系统，代谢产物也不尽相同，因而有助于鉴别细菌。
（四）血清学鉴定：用含已知特异性抗体的诊断血清与分离培养出的未知纯种菌作玻片凝集试验，以确定病原菌的种或型.也可用免疫荧光，协同凝集试验，对流免疫电泳，放射免疫，酶免疫等快速，敏感的方法，从标本中直接检测特异抗原，有助确定病因。
（五）动物试验：主要用于分离，鉴定病原菌，测定菌株产毒性等，常用实验动物有小白鼠，豚鼠和家兔。
（六）药物敏感试验：对指导临床选择用药，及时控制感染有重要意义.常用的方法为单片纸碟法和试管稀释法。
（七）病原菌抗原的检测：用已知特异性抗体测未知抗原，其优点是快速，灵敏，特异性高。常用的免疫技术有：沉淀反应、协同凝集试验、免疫荧光法（IF)、对流免疫电泳（CIE)、酶免疫测定（EIA)、免疫印记技术。
（八）其他检测法：
1、气-液相色谱法：常用于厌氧菌的检测.
2、基因诊断法：不同种的细菌有不同的基因或碱基序列，通过检测微生物的特异基因序列是否存在的诊断方法，称为微生物的基因诊断.常用的有核酸杂交，PCR和DNA指纹图谱等。
二、病毒感染：确诊须依靠病毒分离和血清学检查。
（一）病毒分离：可用组织培养、鸡胚和动物接种。应用电镜、免疫电镜、免疫荧光法、酶联免疫法及放射免疫法等可直接检查标本中的病毒颗粒及病毒抗原，常用作快速和早期诊断，如粪便中的甲肝病毒和轮状病毒的颗粒可用电镜和免疫电镜检出。
（二）血清学检查：可用免疫扩散法、补体结合试验、血凝法（间接血凝法和反向被动血凝法）、免疫荧光法、酶联免疫法及放射免疫法等测定血清和体液中的特异性抗体。检测抗原有助于早期诊断。检测抗体，一般须检测急性期和恢复期双份血清，恢复期血清抗体滴度较急性期血清升高4倍以上才有诊断意义。检测特异性IgM抗体有助于早期和现症病人的诊断。
（三）其 他：近年来，应用分子杂交技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳法诊断病毒性疾病，不仅有很高的敏感性和特异性，而且可以诊断不同型和株的病毒感染。此外，应用单克隆抗体检测病毒抗原，也大大提高了诊断病毒性疾病的敏感性和特异性，而且用作对病毒抗原结构的研究。
三、真菌感染：真菌是以腐生或寄生方式摄取营养的真核细胞型微生物。真菌感染的诊断手段主要包括直接镜检、培养检查、免疫学试验和动物实验。但这些方法自身还存在一些局限性，且不能帮助判断检测的阳性结果是感染还是定植，在检测过程中易出现假阳性和假阴性等，因此，其结果判读需结合临床全面分析。
四、寄生虫病：寄生虫是单细胞或多细胞体侵入宿主后，可在宿主体内寄生、发育而导致感染。寄生虫感染的实验室诊断的主要依据包括病原学诊断、免疫学诊断和其他实验室常规检查。但病原学诊断检出率较低，对于组织中或器官内寄生而不易取材的寄生虫，可考虑采用免疫学诊断方法，其敏感性和特异性可大大提高。近年来发展的DNA探针技术和聚合酶链反应技术诊断效率更佳。
五、其他病原体感染：
（一）支原体检测：支原体检查法是检查人体是否受到支原体的感染，为临床诊断与治疗支原体感染患者提供依据的一种检查方法。支原体只能粘附在呼吸道或泌尿生殖道的上皮细胞表面的受体上，而不进入组织和血液。分离培养、特异性抗血清生物抑制试验或代谢试验是其确诊依据，DNA探针技术和荧光定量PCR技术可用于快速诊断。
（二）螺旋体检测：螺旋体是一群细长、柔软、运动活波、呈螺旋状的微生物，显微镜下发现运动活泼、特殊形态的螺旋体具有诊断意义；血清学检测包括显微镜凝集试验、间接凝集试验、酶联吸附试验检验血清中特异性抗体是常用方法；VDRL法、RPR法、FTA-ABS法、MHA-TP法、PCR法都是较好的确诊方法。
（三）立克次体检测：立克次体是介于细菌与病毒之间的微生物，变形杆菌OX19与斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、落矶山斑疹伤寒病原体有共同抗原;OXK与恙虫病病原体有共同抗原，可以用变形杆菌OX19菌液代替普氏立克次体作血清学试验，用于诊断流行性斑疹伤寒，同时以3种菌液做外斐反应，用于鉴别诊断立克次体病。
1、外斐试验：滴定效价在1：160以上者为阳性，有4倍以上增长者则更具诊断意义。该实验简便，但特异性较差，可与回归热、疟疾、伤寒以及变形杆菌感染等交叉凝集而出现假阳性。
2、血清学诊断方法：IFA、酶联免疫吸附实验（ELISA）、固相放射免疫测定（SPRIA）以及间接血凝试验等检测特异性免疫球蛋白M（IgM）或免疫球蛋白G（IgG），特异性高。
3、其 他：免疫电镜、聚合酶链反应（PCR）检测也有助于诊断。
（四）衣原体检测：衣原体按其特性分为三类：沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体和肺炎衣原体。沙眼衣原体有15个已知的血清型，其中12个血清型与沙眼和生殖道的感染有关；另外3个则与性病性淋巴肉芽肿（LGV）的发生有关。沙眼衣原体快速检测目前分定性和定量快速检测。目前流行常用的为金标定性快速检测。应用胶体金免疫层析技术，采用双抗体夹心的形式建立的衣原体检测方法，用于女性宫颈和男性尿道中衣原体的检测。临床辅助诊断衣原体感染，试验结果还需要临床医生结合患者症状、体征及其它检查结果进一步确定的目的。金标法定性沙眼衣原体快速检测有着快速、方便、准确性高的优点。为临床医生的辅助诊断等节省了很多时间。为目前市面上沙眼衣原体快速检测的主流。
（五）流行性感冒病毒检测：流行性感冒（简称流感）是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，主要通过空气飞沫传播。流感病毒有甲、乙、丙三个型，其中甲型所引起的流感流行最为广泛和严重，乙型常引起爆发，丙型则多引起小儿散发病型。在我国虽将该病归属于法定丙类传染病，但一旦流行，传播快、波及面广，对人民健康及劳动生产力有很大影响，而且对年老体弱多病者及婴幼儿的威胁较大。流感流行时一般根据临床症状、结合流行病学可对病人作出初步诊断。如确定诊断则需要分离病毒阳性或病人双份血清抗体，测定恢复期抗体较急性期增高4倍或以上。
（六）严重急性呼吸道综合症（SARS）病毒检测：严重急性呼吸综合征（SARS），俗称传染性非典型肺炎，也称非典型肺炎。是由SARS冠状病毒（SARS-CoV）引起的一种具有明显传染性、可累及多个脏器系统的特殊肺炎。世界卫生组织（WHO）将其命名为严重急性呼吸综合征（SARS）。临床上以发热、乏力、头痛、肌肉关节酸痛等全身症状和干咳、胸闷、呼吸困难等呼吸道症状为主要表现，部分病例可有腹泻等消化道症状；胸部X线检查可见肺部炎性浸润影、实验室检查外周血白细胞计数正常或降低、抗菌药物治疗无效是其重要特征。重症病例表现明显的呼吸困难，并可迅速发展成为急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。特异性病原学检测：
1、SARS-CoV血清特异性抗体检测：发病10天后采用IFA，在患者血清内可以检测到SARS-CoV的特异性抗体（若采用酶联免疫吸附实验（ELISA），则在发病21天后）。从进展期到恢复期抗体阳转或抗体滴度呈4倍及以上升高，具有病原学诊断意义。首份血清标本需尽早采集。
2、SARS-CoVRNA检测：准确的SARS-CoVRNA检测具有早期诊断意义。采用RT-PCR方法，在排除污染及技术问题的情况下，从呼吸道分泌物、血液或粪便等标本中检出SARS-CoV的RNA，尤其是多次、多种标本和多种试剂盒检测SARS-CoVRNA阳性，对病原学诊断有重要支持意义。
3、其他早期诊断方法：免疫荧光抗体试验检测鼻咽或气道脱落细胞中SARS-CoV特异性结构蛋白检测，及基因芯片技术等检测方法，尚待进一步研究。
第二节 临床感染常见病原体检测